Neměl to proto lehké ani v minulosti, a navzdory oficiálním oceněním vlastně ani po převratu v roce 1989, kdy se přichýlil ke snahám o moravské samosprávní uspořádání.
"Podstatný vliv na mne měli učitelé z obecné školy i profesorka češtiny na gymnáziu. Pan řídící byl legionář, páni třídní členy Pěveckého sdružení moravských učitelů. Každý svým způsobem znal kus světa, všichni byli přesvědčení a nadšení českoslovenští vlastenci," vysvětloval Jan Trefulka kořeny své hierarchie hodnot při rozhovoru pro MF DNES v roce 2009.
Neuhýbání a morální zásadovost odnesl Jan Trefulka po zastavení časopisu Host do domu. Na počátku normalizace byl vyloučen i z komunistické strany, kam znovu vstoupil na počátku jejího obrodného procesu. Pracoval pak už jen jako noční hlídač, vazač a dlouhá léta nesehnal žádné zaměstnání. Publikovat mohl už jen pod cizími jmény nebo v samizdatu. Tam především.
Vyšel mu tam v roce 1973 asi jeho nejlepší román O bláznech jen dobré, vynikajícím způsobem vyprávěný příběh čerstvého důchodce, který pod dojmem blížící se smrti odejde od své ženy k mladší družce, aby se vrátil, "odkud vyšel, moudřejší o zážitek z říše těch, kdo žijí v souladu se sebou samými, tedy z říše moudrých bláznů, jejímž vyznavačem se navěky stal". Tak zní jedna z charakteristik této knihy.
Smrt moravského patriota
Jan Trefulka byl v Brně mezi prvními, kteří signovali prohlášení Charty 77. "Za můj podpis Charty 77 byla potrestána moje rodina, kdežto já jsem získal spoustu volného času k literární tvorbě," nebyl Trefulka smířen ani po letech s faktem, že jeho děti nesměly vystudovat vysněné školy a jeho ženu vyhodili ze zaměstnání v osvětovém zařízení.
Citlivý muž se s nespravedlností spáchanou na nejbližších lidech vlastně až do smrti nedokázal smířit. Za normalizace se však coby nezaměstnatelný "muž v domácnosti", kde rodinu živila žena, velmi účinně podílel i na tvorbě a rozšiřování samizdatu.
Po převratu v roce 1989 se stal předsedou Obce moravskoslezských spisovatelů, inicioval a organizoval soutěž Evropský fejeton a stal se členem první Rady České televize. Politicky i publicisticky se angažoval také v prosazení moravské samosprávy.
Podle vyjádření své ženy Boženy Trefulkové tento statečný muž zemřel na selhání ledvin a zápal plic ve svém domě v Barvičově ulici v Brně. Pohřeb rodina plánuje na čtvrtek 29. listopadu v brněnském krematoriu v Jihlavské ulici.