Zrušení územního rozhodnutí přišlo již podruhé. Poprvé to udělal v prosinci 2008 soud. Původní žádost o vydání územního rozhodnutí pro přestavbu Železničního uzlu Brno podala Správa železniční dopravní cesty 9. prosince 2005, celé řízení se ale táhne již téměř šest let.
Podle Matěje Hollana z občanské koalice Nádraží v centru se město nyní samo připravilo o možnost získat na odsun peníze z Evropské unie. "Tuto šanci ztratilo kvůli své neschopnosti vydat za tak dlouhou dobu územní rozhodnutí, které by bylo v souladu se zákonem," řekl Hollan.
Sdružení Nádraží v centru představilo v roce 2006 svoji variantu modernizace nádraží ve středu města. V oficiální analýze z následujícího roku zvítězil tento návrh před odsunem.